Eylül 1886’da, LaSallien okullarının “Frère”leri, Pera’da, Galatasaray Lisesi’nin yakınlarında 1870 yılında yanan okulun yerine Saint-Michel adını verdikleri bir okul kurdular. 1896 yılında şehrin kuzeyinde, Feriköy’de, Frère’ler Saint-Jean Chrysostome adı altında yeni bir okul yaptırdılar. Bu binada ilkokul, ortaokul ve temel ticaret eğitimi verildi. Okul çok tanındı ve 1912 yılında 180 öğrenciye kadar ulaştı ama 1914 yılında kapandı.
1921 yılında, I. Dünya Savaşı’ndan sonra, enerjik, aktif bir kuzeyli olan Frère Florin, Saint-Jean Chrysostome adlı okulun yerine daha büyük, daha düzenli, daha donanımlı bir okul kurdu ve adını Sainte-Jeanne D’Arc koydu. Çocuklar bu okulda üç sene eğitim gördükten sonra, öğrenimlerini Saint-Michel Koleji’nde (Pera’da) veya Saint-Joseph Koleji’nde (Kadıköy) tamamlıyorlardı. İsterlerse ticaret enstitüsüne de devam ediyorlardı. Bu enstitü önce Saint-Joseph’in içindeydi sonradan Sainte-Jeanne d’Arc’a taşındı.
1936 yılında çıkan bir kanunla yabancıların Türkiye’de okul açmaları yasaklandı. Bütün yabancı okullar kapandı. Saint-Michel Koleji, Pera’nın gürültülü ortamından ayrıldı ve Bomonti’deki Sainte-Jeanne d’Arc Koleji’nin binalarına yerleşti. Bu iki okulun birleşmesinden bugünkü Saint-Michel Lisesi oluştu. 1956 yılında çeşitli sebeplerden dolayı “Frère”ler okulun orta kısmını kapattılar. Orta kısım 1970 yılında tekrar açıldı ve kız öğrenciler de okula alınmaya başlandı. Saint-Michel, İstanbul’da karma eğitim yapan ilk Fransız lisesidir. Kurucuları olan “Frère”ler, 1976 yılından beri okul yönetimine katılmamaktadırlar. Okul, eğitim için Fransızcayı seçen gençliğin hizmetinde. Lise, Fransız Hükümeti tarafından “devlet okulu” sayılmaktadır.
